Madrasah Tsanawiyah (MTs) Bina Insani menawarkan pendidikan tingkat menengah pertama yang mengintegrasikan secara utuh kurikulum Kemenag dan Kemendikbudristek dengan pola pengasuhan asrama (boarding school). Para santri tidak hanya dididik untuk unggul dalam mata pelajaran umum, tetapi juga dilatih disiplin ibadah, kepemimpinan (organization skills), serta kefasihan berbahasa Arab dan Inggris dalam percakapan sehari-hari di asrama.